画面上で削除や変更を行っても、システムを更新（保存）するまでは以前のデータが内部に残っているため、番号が重複してエラーが発生しています。
重複エラーを回避するため、以下の手順をお試しください。
１．変更したい番号を、現在使われていない仮の番号（例：元の番号＋10など）に変更して、一度「更新する」を押します。
２．その後、正しい番号に振り直して、再度「更新する」を押してください。